موسوی در سوم اردیبهشت ماه 88 و در دانشگاه فردوسی مشهد در پاسخ به دانشجویی که نظر او را پیرامون ولایت فقیه پرسیده بود، گفته بود:

  ولايت فقيه همواره جامعه ما را از كودتاها حفظ كرده است و اين قطعا عقيده سياسي بنده است. بدون ولايت فقيه قطعا به فرصت‌هاي اين چنيني نمي‌رسيديم، امكان دارد برخي‌ها قبول نداشته باشند ولي بنده به آن متعهد و پايبند هستم.